番茄碱毒性很小，口服较大剂量和较长时间亦未发现毒性反应，可能系吸收很少的缘故。皮下注射可引起局部坏死，其油膏（治真菌病）涂于皮肤并无刺激性，对粘膜则可能有刺激性。给大鼠或兔静脉注射，可引起急骤、短暂的血压下降，对心率无影响，体内及体外试验均可引起溶血。